食品科学与技术国家重点实验室以江南大学和南昌大学为依托单位，在两校的教育部重点实验室（食品科学与安全、食品科学）的基础上，以两校各自的“食品科学”国家重点学科为依托，整合两所学校在相关领域的学科和研究基地的优势资源，按照国家重点实验室的严格要求高标准地进行建设。本重点实验室填补了我国高校食品领域无国家级重点实验室的空白。2007年4月经科技部发文批准建设，2007年9月通过建设计划可行性论证,2010年1月通过验收。在科技部组织的2011年、2016年国家重点实验室评估中两次均获评良好。
     重点实验室围绕本领域国际研究前沿，立足于我国食品工业的发展需要，基于推进技术创新，缩短我国在食品科学领域与国际先进水平间的差距，加快食品工业前进步伐，实现可持续发展的战略目标，遵照“有限目标”和“有所为，有所不为”的精神，结合两校重点实验室的研究特色和优势，进一步凝练方向，确定在食品加工与组分变化、食品安全性检测与控制、食品配料与添加剂的生物制造以及食品加工新技术原理及应用四个方面开展研究，立足食品与人体健康的相关性研究，逐步构建食品加工过程控制新理论与新方法体系，从而达到控制食品及配料的品质，消除不安全因素，增进人体健康。
     重点实验室在集中原江南大学食品科学与安全教育部重点实验室和南昌大学食品科学教育部重点实验室优势人才资源的基础上，进一步向海内外招聘优秀人才，形成了以中国工程院院士、国家“杰青”获得者、国务院学位委员会学科评议组成员、教育部科学技术委员会农林学部委员、国家“新世纪百千万人才工程”、国家重点学科带头人为学术方向带头人、一批年富力强的中青年学术骨干、年轻的海外留学归国博士为中坚力量的研究队伍。研究人员以中青年骨干为主，其中教授基本集中在40-50岁之间，副教授集中在30-40岁之间，80%以上具有博士学位，其中有交叉学科背景者占45%，海外留学人员、博士后及曾在国外研修一年以上者占65%。
     实验室依托江南大学和南昌大学，实行主任负责制，采取统一的主任委员会协调机制和学术委员会指导评审机制，按照“开放、流动、联合、竞争”的原则，实行统一管理、分级负责、协调运行的管理模式，以“优势学科联合、优秀人才集中、包容整合”的建室思想，实施封闭式管理和开放式运行。推行改革，鼓励创新，整合资源，优化配置，加强服务，规范管理，形成能正常运行、有序管理和具备自身特色的共建机制、高水平管理和运行机制。努力把重点实验室建设成为组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科学家、开展学术交流的重要基地。